三个月宝宝恶心干呕，可能是以下原因引起：
1.生理因素：
胃食管反流：三个月的宝宝胃容量较小，且呈水平位，贲门口较松弛，吃奶后容易出现胃食管反流，导致恶心干呕。
贲门括约肌发育不完善：宝宝贲门括约肌发育不完善，吃奶过多、过快或哭闹后容易导致胃内压力增加，引起恶心干呕。
吞咽功能不完善：宝宝的吞咽功能不完善，吃奶时容易吸入过多的空气，刺激胃黏膜，引起恶心干呕。
2.病理因素：
感染：如呼吸道感染、胃肠道感染等，病原体刺激胃肠道黏膜，可引起恶心、干呕。
过敏：宝宝对牛奶、鸡蛋等食物过敏，或接触了过敏原，可引起过敏反应，导致胃肠道症状，如恶心、干呕。
其他：如先天性肥厚性幽门狭窄、贲门失弛缓症等，也可导致宝宝恶心干呕。
针对三个月宝宝恶心干呕的情况，可采取以下治疗方法：
1.调整喂养方式：
喂奶后拍嗝：喂奶后将宝宝竖着抱起，轻轻拍打后背，帮助排出胃内气体，减少恶心干呕的发生。
控制喂奶速度和量：避免宝宝吃奶过快、过多，喂奶时要让宝宝含住乳头和大部分乳晕，防止吸入过多空气。
少量多餐：如果宝宝恶心干呕频繁，可以适当减少喂奶量，增加喂奶次数。
2.药物治疗：
如果宝宝恶心干呕的同时，伴有腹胀、腹泻、呕吐等症状，可能是消化不良引起的，可以在医生的指导下，给宝宝服用一些益生菌，如双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等，调节肠道菌群，改善消化不良的症状。
如果宝宝恶心干呕的症状持续不缓解，或伴有其他异常症状，如发热、咳嗽、喘息等，可能是感染引起的，需要及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，引起三个月宝宝恶心干呕的原因较多，如果宝宝恶心干呕的症状持续不缓解或伴有其他异常症状，建议及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在给宝宝喂奶时，要注意保持乳头清洁，避免宝宝吸入过多的空气，喂奶后要及时拍嗝，帮助宝宝排出胃内气体。