一、黄体功能不全
卵巢排卵后形成黄体，其主要功能是分泌黄体酮。若黄体功能不全，会导致黄体分泌黄体酮的量不足，从而引发怀孕初期黄体酮低，这是怀孕初期黄体酮低的常见原因之一，其机制在于黄体发育过程中相关激素调节异常，使得黄体酮合成与分泌受限。
二、母体内分泌系统异常
1.甲状腺功能异常
甲状腺分泌的激素参与人体多种代谢调节，与下丘脑-垂体-卵巢轴密切相关。当母体存在甲状腺功能减退时，会影响该轴的正常功能，进而干扰黄体酮的合成与分泌，导致怀孕初期黄体酮水平偏低；而甲状腺功能亢进时，也可能通过内分泌紊乱的机制对黄体酮分泌产生不利影响。
2.其他内分泌腺体问题
如肾上腺皮质功能异常等，肾上腺分泌的某些激素会参与体内激素平衡的调节，若肾上腺功能出现异常，可能间接影响黄体酮的分泌情况，导致怀孕初期黄体酮低。
三、胚胎因素
怀孕初期胚胎发育异常，例如染色体异常等情况，可能无法正常刺激母体产生足够的黄体酮来维持妊娠，使得母体自身分泌的黄体酮量不足以满足妊娠需求，从而出现黄体酮低的状况。
四、不良生活方式影响
1.长期熬夜
长期熬夜会打乱人体正常的生物钟，影响激素分泌的节律性。人体激素的分泌具有一定的周期性，熬夜会干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的正常运作，进而影响黄体酮的分泌，增加怀孕初期黄体酮低的发生风险。
2.吸烟酗酒
烟草中的尼古丁等成分以及酒精会对人体内分泌系统产生不良影响，干扰激素的合成与代谢过程，包括影响黄体酮的分泌，使得怀孕初期出现黄体酮低的可能性增大。