头疼发低烧但不感冒，可能是以下原因：
1.感染性疾病：细菌、病毒、真菌等感染均可引起发热和头疼，如脑膜炎、脑炎、肺炎等。
2.非感染性疾病：
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等，可导致发热和头疼。
血液系统疾病：如白血病、淋巴瘤等，可影响正常的造血功能，导致发热和贫血等症状。
内分泌疾病：如甲状腺功能亢进、肾上腺皮质功能减退等，可引起代谢紊乱，导致发热和头疼。
中枢神经系统疾病：如脑震荡、脑肿瘤等，可刺激脑膜或神经，引起头疼和发热。
其他：如中暑、药物热等，也可出现发热和头疼。
3.功能性疾病：
神经官能症：如紧张性头痛、偏头痛等，可引起头疼，但不伴有感冒症状。
自主神经功能紊乱：可导致发热，但多为低热，同时伴有多汗、手抖、心悸等症状。
总之，头疼发低烧但不感冒的原因较为复杂，需要结合具体情况进行分析。如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，进行相关检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。