怀孕三个月时偶尔肚子疼可能是由以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现偶尔的牵拉痛或不适感。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，子宫圆韧带被牵拉，可能会引起腹部一侧或双侧的疼痛。
3.胃肠道问题：怀孕期间，胃肠道功能可能会受到影响，如消化不良、便秘等，也可能导致腹部不适或疼痛。
4.其他原因：如腹部受凉、过度劳累、情绪紧张等，也可能引起肚子疼。
需要注意的是，如果肚子疼伴有阴道出血、剧烈疼痛、发热等异常症状，应立即就医，以排除先兆流产、宫外孕等严重情况。
在怀孕期间，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，注意饮食卫生，避免食用不洁食物和刺激性食物。如果肚子疼持续不缓解或加重，应及时就医，以便明确原因并进行相应的治疗。同时，应按时进行产前检查，以确保胎儿的健康发育。