怀孕三个月时偶尔肚子疼可能是以下原因导致的：
1.子宫增大：怀孕三个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉周围的韧带，引起肚子疼。这种疼痛通常是轻微的，而且是一过性的，休息后可以缓解。
2.胃肠道不适：怀孕后，体内激素水平的变化可能会影响胃肠道的功能，导致消化不良、胃胀、胃痛等。这些胃肠道不适也可能引起肚子疼。
3.先兆流产：如果肚子疼同时伴有阴道流血、腰酸等症状，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行保胎治疗。
4.其他原因：怀孕期间，孕妇的身体会发生一系列变化，如韧带松弛、关节疼痛等，也可能导致肚子疼。此外，腹部受凉、过度劳累等也可能引起肚子疼。
需要注意的是，如果肚子疼持续时间较长、疼痛程度较剧烈，或者伴有其他异常症状，如阴道流血、发热等，应及时就医，进行详细的检查，以排除其他潜在的问题。同时，孕妇在怀孕期间应注意休息，避免过度劳累，保持良好的心态，合理饮食，如有不适及时就医。