三个月宝宝缺钙可以通过以下方式进行补充：
1.晒太阳：适当晒太阳可以促进宝宝自身维生素D的合成，进而促进钙的吸收。每天晒太阳1-2小时即可，但要注意避免阳光直射宝宝的眼睛。
2.补充维生素D：宝宝出生数天后，就应该每天补充维生素D400-800IU。
3.选择合适的钙剂：如果宝宝缺钙较为严重，可以在医生的指导下选择钙剂进行补充。
4.调整饮食：如果宝宝已经开始添加辅食，可以让宝宝多吃一些富含钙的食物，如奶制品、豆制品、绿叶蔬菜等。
需要注意的是，补钙并不是越多越好，过量的钙摄入可能会影响宝宝的健康。因此，在给宝宝补钙时，应该遵循医生的建议，合理补充。同时，还应该注意观察宝宝的情况，如有不适，应及时就医。