三个月宝宝缺钙可以通过以下方式进行补充：
1.晒太阳：适当的阳光照射可以促进宝宝体内维生素D的合成，帮助钙的吸收。可以选择在天气晴朗的时候，让宝宝暴露在阳光下，但要注意避免阳光直射眼睛，同时注意保护宝宝的皮肤。
2.补充维生素D：宝宝出生后15天起，每天需要补充400IU的维生素D。可以选择维生素D滴剂，按照医生或营养师的建议进行服用。
3.母乳喂养或配方奶喂养：对于母乳喂养的宝宝，妈妈可以通过摄入富含钙的食物来增加乳汁中的钙含量。对于配方奶喂养的宝宝，选择富含钙的配方奶即可。
4.添加辅食：宝宝4-6个月后，可以开始逐渐添加辅食。可以给宝宝添加一些富含钙的食物，如豆腐、奶制品、鱼类、蛋类等。
5.钙剂补充：如果宝宝经医生评估后确实存在缺钙的情况，医生可能会建议补充钙剂。钙剂的选择应根据宝宝的年龄和具体情况进行，同时要注意钙剂的剂量和服用方法。
需要注意的是，补钙并不是越多越好，过量的钙摄入可能会对宝宝的健康造成负面影响。因此，在给宝宝补钙时，应遵循医生或营养师的建议，不要自行增减剂量。同时，还应注意宝宝的饮食均衡，避免过度依赖钙剂。如果宝宝有任何不适或异常，应及时就医。
此外，对于早产儿、低体重儿或存在其他健康问题的宝宝，补钙的需求和方法可能会有所不同。这些宝宝需要在医生的密切监测下进行补钙，并根据具体情况进行调整。
总之，三个月宝宝缺钙时，应及时采取适当的措施进行补充。同时，要关注宝宝的饮食和生活习惯，为宝宝的健康成长提供良好的基础。如果对宝宝的补钙问题有任何疑问，建议咨询医生或营养师的意见。