跑完50米后膝盖疼，可能是由以下原因引起的：
1.运动过度：突然进行高强度的运动，如跑完50米，可能会导致膝盖承受过大的压力，引起疼痛。
2.肌肉疲劳：跑步时，腿部肌肉需要不断收缩和放松，如果肌肉疲劳，可能会导致膝盖疼痛。
3.姿势不正确：跑步时，如果姿势不正确，如膝盖内扣、过度弯曲等，可能会增加膝盖的压力，导致疼痛。
4.膝关节损伤：如果在跑步前已经存在膝关节损伤，如半月板损伤、韧带损伤等，跑步可能会加重损伤，导致疼痛。
5.其他原因：如关节炎、滑膜炎等疾病，也可能导致膝盖疼痛。
针对跑完50米后膝盖疼的情况，可以采取以下处理方法：
1.休息：停止运动，让膝盖得到充分的休息。
2.冰敷：用冰袋或冷毛巾敷在膝盖上，每次15-20分钟，每天数次，可缓解疼痛和肿胀。
3.加压包扎：用弹性绷带包扎膝盖，可减轻肿胀和疼痛。
4.抬高患肢：将患肢抬高，高于心脏水平，可促进血液回流，缓解肿胀和疼痛。
5.药物治疗：可口服非甾体抗炎药，如布洛芬、阿司匹林等，缓解疼痛。
6.物理治疗：可采用热敷、按摩、针灸等物理治疗方法，缓解疼痛。
7.就医：如果膝盖疼痛持续时间较长或症状加重，应及时就医，进行详细的检查和治疗。
需要注意的是，如果本身存在膝关节疾病，如半月板损伤、关节炎等，应在医生的指导下进行运动，避免加重病情。同时，在运动前应进行充分的热身，运动后应进行拉伸和放松，以减少膝盖受伤的风险。