三个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还未发育完善，摇头可能是在自我安慰。
2.室内温度过高：宝宝的体温调节功能尚未发育完善，室内温度过高可能导致宝宝出汗，从而引起头部瘙痒，出现摇头的情况。
3.湿疹：宝宝的皮肤娇嫩，如果不注意护理，容易出现湿疹。湿疹会导致皮肤瘙痒，宝宝也会通过摇头来缓解不适。
4.维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，会导致钙吸收不良，从而引起佝偻病。佝偻病早期会出现多汗、摇头、烦躁等症状。
5.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，从而导致摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，家长可以先观察。如果宝宝摇头频繁，或者伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、夜惊、睡眠不安等，建议及时带宝宝就医，明确原因，以便采取相应的治疗措施。同时，家长要注意给宝宝创造舒适的睡眠环境，保持室内温度适宜、空气流通，及时给宝宝更换衣物和床单，保持皮肤清洁干燥。