三个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统尚未发育完全，对于外界的刺激反应较为敏感。当宝宝处于浅睡眠状态时，可能会出现摇头、微笑、四肢舞动等动作，这是正常的生理现象，通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.头部出汗：如果宝宝头部出汗较多，可能会感到不适，从而通过摇头来缓解。此外，宝宝的头部温度相对较高，如果睡觉时穿着过多或盖得太厚，也可能导致头部出汗。
3.湿疹：湿疹是一种常见的皮肤疾病，宝宝的头皮、面部、颈部等部位可能会出现红斑、丘疹、水疱等症状，伴有瘙痒感。宝宝可能会通过摇头来摩擦头部，缓解瘙痒。
4.缺钙：宝宝缺钙时，可能会出现多汗、烦躁、睡眠不安等症状，摇头也可能是其中之一。
5.耳部感染：耳部感染是宝宝常见的疾病之一，炎症可能导致耳部疼痛，宝宝会通过摇头来缓解不适。
针对宝宝睡觉老是摇头的情况，可以采取以下措施：
1.保持适宜的睡眠环境：宝宝的卧室应保持适宜的温度和湿度，避免穿着过多或盖得太厚。
2.注意头部清洁：及时为宝宝清洗头部，保持头皮清洁干燥。
3.观察宝宝的症状：如果宝宝伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、发热等，应及时就医，进行相关检查和治疗。
4.补充维生素D：宝宝出生后应及时补充维生素D，促进钙的吸收。
5.就医检查：如果宝宝的摇头症状持续不缓解或伴有其他异常，应及时就医，进行详细的检查，以确定病因并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，每个宝宝的情况可能不同，如果对宝宝的睡眠问题有任何疑虑，最好咨询医生的意见。医生可以根据宝宝的具体情况进行评估，并提供个性化的建议和治疗方案。