三个月宝宝睡觉摇头，可能是正常的生理现象，也可能是由多种原因引起的，需要根据具体情况进行治疗。以下是一些可能的原因和治疗方法：
1.正常的生理现象：三个月的宝宝神经系统还没有完全发育成熟，容易出现不自主的运动，包括摇头、手抖、眨眼等。这种情况通常不需要特殊治疗，随着宝宝的成长会逐渐消失。
2.皮肤瘙痒：宝宝的皮肤娇嫩，如果出汗过多、穿着过多、皮肤清洁不及时等，可能会导致皮肤瘙痒，从而引起摇头。家长可以注意保持宝宝皮肤清洁，及时更换衣物，避免过度保暖。
3.湿疹：湿疹是一种常见的皮肤病，会导致皮肤瘙痒、发红、脱屑等症状。宝宝如果有湿疹，可能会通过摇头来缓解瘙痒。家长可以带宝宝去医院皮肤科就诊，根据医生的建议使用药物治疗湿疹。
4.缺钙：宝宝缺钙时，神经肌肉兴奋性会增高，容易出现多汗、摇头、夜惊等症状。家长可以带宝宝去医院检查微量元素，如果缺钙，可以在医生的指导下补充钙剂和维生素D。
5.中耳炎：中耳炎是中耳部位的炎症，会导致耳部疼痛、流脓等症状。宝宝如果有中耳炎，可能会通过摇头来缓解耳部不适。家长可以带宝宝去医院耳鼻喉科就诊，根据医生的建议使用药物治疗中耳炎。
6.其他：宝宝如果有其他疾病，如感冒、肺炎等，也可能会出现睡觉摇头的症状。家长需要带宝宝去医院就诊，明确病因，进行针对性治疗。
总之，三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的，也可能是由疾病引起的。如果家长发现宝宝有异常情况，应及时带宝宝去医院就诊，以便明确原因，采取相应的治疗措施。同时，家长在日常生活中要注意保持宝宝的皮肤清洁，避免过度保暖，及时添加辅食，保证宝宝的营养均衡。