三个月宝宝睡觉摇头，可能是正常的生理现象，也可能与疾病有关。以下是一些可能的原因和治疗方法：
1.正常的生理现象：
宝宝神经系统发育不完善：宝宝的神经系统还没有完全发育成熟，容易受到外界刺激的影响，从而出现睡觉摇头的现象。这种情况通常是正常的，随着宝宝的成长，神经系统逐渐发育完善，症状会逐渐减轻。
宝宝头皮瘙痒：如果宝宝的头皮有湿疹、痱子等，会导致头皮瘙痒，从而引起宝宝睡觉摇头。家长可以检查宝宝的头皮，如果有湿疹或痱子，可以用温水清洗，然后涂抹湿疹膏或痱子粉。
宝宝缺钙：如果宝宝缺钙，会导致神经兴奋性增加，从而出现睡觉摇头、多汗、夜惊等症状。家长可以带宝宝去医院检查微量元素，如果缺钙，可以在医生的指导下补充钙剂和维生素D。
2.疾病因素：
中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳朵疼痛、瘙痒等症状，从而导致宝宝睡觉摇头。家长可以检查宝宝的耳朵，如果有中耳炎，需要及时就医，在医生的指导下进行治疗。
皮肤感染：如果宝宝的头皮或颈部有皮肤感染，也会导致宝宝睡觉摇头。家长可以检查宝宝的皮肤，如果有皮肤感染，需要及时就医，在医生的指导下进行治疗。
其他：如果宝宝患有其他疾病，如感冒、肺炎等，也可能出现睡觉摇头的症状。家长需要注意观察宝宝的其他症状，如果有异常，需要及时就医。
总之，如果宝宝睡觉摇头的症状持续时间较长或伴有其他异常症状，家长需要及时带宝宝去医院检查，明确原因，然后在医生的指导下进行治疗。同时，家长也要注意给宝宝提供舒适的睡眠环境，保持宝宝的头皮清洁，避免宝宝过度兴奋或疲劳。