三个月宝宝睡觉摇头可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因和治疗方法：
1.皮肤问题：宝宝的头皮可能会因为湿疹、痱子或其他皮肤问题而感到瘙痒，导致摇头。保持宝宝的头皮清洁干燥，使用温和的洗发水和护肤品，避免过度摩擦头皮。如果皮肤问题严重，建议咨询医生。
2.过热或过冷：宝宝睡觉时过热或过冷都可能导致不适，从而引起摇头。确保宝宝的卧室温度适宜，穿着舒适的睡衣。
3.缺钙：宝宝在生长发育过程中可能会缺钙，导致神经兴奋性增加，出现摇头、多汗等症状。可以适当给宝宝补充维生素D和钙剂，多晒太阳。
4.耳部感染：耳部感染是宝宝常见的问题，可能会引起耳部疼痛，导致宝宝摇头。观察宝宝的耳部是否有红肿、分泌物等异常，如有需要，及时就医。
5.过敏：宝宝可能对某些食物、床上用品或环境中的过敏原过敏，引起过敏反应，导致摇头。注意观察宝宝的饮食和生活环境，避免接触过敏原。
6.其他：宝宝可能因为内耳发育不完善、神经系统兴奋等原因出现摇头现象。这种情况通常会随着宝宝的成长逐渐改善。
需要注意的是，如果宝宝睡觉摇头的情况持续较长时间或伴有其他异常症状，如哭闹、发热、呕吐等，应及时就医，以便确定具体原因并进行相应的治疗。同时，家长在照顾宝宝时要细心观察，及时发现问题并采取适当的措施。