三个月宝宝睡觉摇头，可能是正常的生理现象，也可能是由环境因素、维生素D缺乏性佝偻病、湿疹等原因引起的。以下是一些可能的治疗方法：
1.调整环境：保持宝宝的睡眠环境舒适、安静，温度适宜，避免过多的噪音和光线刺激。
2.及时增减衣物：根据室内温度，及时给宝宝增减衣物，避免宝宝过热或过冷。
3.保持皮肤清洁：经常给宝宝洗头，保持头部清洁，避免湿疹等皮肤问题的发生。
4.适当补钙：如果宝宝有维生素D缺乏性佝偻病的风险，如早产、低出生体重、母亲孕期缺钙等，可以在医生的指导下适当补钙。
5.补充维生素D：维生素D可以促进钙的吸收和利用，对于预防维生素D缺乏性佝偻病非常重要。如果宝宝缺乏维生素D，需要在医生的指导下补充维生素D。
6.就医治疗：如果宝宝睡觉摇头的情况持续不缓解，或者伴有其他异常症状，如多汗、夜惊、烦躁、骨骼畸形等，应及时就医，进行相关检查和治疗，以排除其他潜在的健康问题。
需要注意的是，每个宝宝的情况都可能不同，因此在采取任何治疗措施之前，最好先咨询医生的意见。同时，家长应该密切观察宝宝的情况，如有异常应及时就医。