三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的，也可能是由多种原因引起的，需要根据具体情况进行治疗。以下是一些可能的原因和治疗方法：
1.正常情况：三个月的宝宝神经系统发育还不完善，容易受到外界刺激而出现兴奋、摇头等现象。这种情况通常不需要特殊治疗，随着宝宝的成长会逐渐消失。
2.湿疹：宝宝头部出汗多，若没有及时清理，会导致头部瘙痒，从而引起宝宝摇头。此外，湿疹还可能伴有皮肤发红、皮疹等症状。治疗方法包括保持皮肤清洁干燥、使用湿疹药膏等。
3.缺钙：宝宝缺钙时，神经兴奋性会增加，容易出现多汗、摇头、夜惊等症状。治疗方法主要是补充钙剂和维生素D。
4.耳部感染：宝宝耳部感染时，可能会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，从而导致摇头。此外，还可能伴有发热、哭闹等症状。治疗方法包括使用抗生素滴耳液等。
5.其他：宝宝头部有异物、睡眠环境不适等也可能导致睡觉摇头。
需要注意的是，如果宝宝睡觉摇头的情况持续时间较长、伴有其他异常症状或影响宝宝睡眠，应及时就医，进行相关检查，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意保持宝宝的头部清洁干燥，选择舒适的睡眠环境，避免过度刺激宝宝。