三个月婴儿鼻塞若为生理现象，通常可自行缓解，无需特殊处理；若为病理现象，可采取以下方法处理。
清理鼻腔：使用生理性海盐水滴鼻或喷鼻，软化、稀释鼻腔分泌物，然后使用吸鼻器吸出分泌物。注意动作要轻柔，避免损伤鼻粘膜。
调整体位：将婴儿侧卧或头高位，有助于缓解鼻塞。
热敷：用温热的湿毛巾轻敷婴儿的鼻部，注意温度不要过高，避免烫伤。
保持室内空气湿润：使用加湿器增加室内空气湿度，有助于缓解鼻塞。
就医治疗：如果鼻塞持续不缓解、伴有咳嗽、发热等症状，或者影响婴儿的呼吸和睡眠，应及时就医。医生可能会根据具体情况给予药物治疗，如滴鼻剂、鼻腔喷雾剂等。
需要注意的是，三个月婴儿鼻塞时，家长应避免使用成人的滴鼻剂或喷雾剂，以免引起不良反应。同时，如果婴儿鼻塞是由于过敏、鼻中隔偏曲等原因引起的，需要在医生的指导下进行针对性治疗。
此外，对于特殊人群，如早产儿、有基础疾病的婴儿，鼻塞的处理方法可能会有所不同，需要在医生的指导下进行。同时，如果家长对婴儿的鼻塞情况感到担忧，应及时就医，以便获得专业的建议和治疗。