三个月宝宝肚子老是咕噜咕噜响，可能是正常的肠鸣音，也可能是消化不良、肠道感染等原因引起的。以下是一些可能的治疗方法：
1.调整饮食：如果是母乳喂养，妈妈应注意饮食清淡，避免食用油腻、刺激性食物；如果是配方奶喂养，可以考虑更换奶粉品牌或调整奶粉冲泡比例。
2.腹部按摩：以宝宝肚脐为中心，顺时针按摩宝宝腹部，促进肠道蠕动，帮助排气。
3.补充益生菌：益生菌可以调节肠道菌群，改善肠道功能。可以在医生的指导下，给宝宝服用适量的益生菌。
4.药物治疗：如果宝宝肠鸣音亢进，同时伴有腹胀、腹泻等症状，可以在医生的指导下，使用一些药物进行治疗，如蒙脱石散、双歧杆菌四联活菌片等。
5.就医治疗：如果宝宝肠鸣音响的同时，伴有精神萎靡、食欲不振、发热等症状，可能是肠道感染或其他疾病引起的，需要及时就医，进行相关检查和治疗。
需要注意的是，三个月的宝宝还比较小，身体各器官尚未发育完全，在治疗过程中，应严格遵循医生的建议，不要自行给宝宝用药。同时，要密切观察宝宝的病情变化，如有异常，应及时就医。