卵巢囊肿长到多大可以做手术并没有绝对统一的标准，一般来说，当卵巢囊肿直径大于5厘米，且持续存在超过3-6个月时，通常建议手术治疗。但也需要结合囊肿的性质等多方面因素来综合判断。
生理性卵巢囊肿的情况
单纯滤泡囊肿： 多数是生理性的，一般直径多在2-5厘米左右，通常会在月经周期结束后自行消失，这种情况一般不需要手术，可定期复查超声，观察囊肿变化。黄体囊肿： 也是常见的生理性囊肿，直径一般在3-5厘米左右，多数可在1-2个月经周期后自然消退，同样定期复查超声监测即可，若持续存在或有变化再考虑处理。
病理性卵巢囊肿的情况
巧克力囊肿： 如果巧克力囊肿直径大于5厘米，且患者有痛经进行性加重、不孕等明显症状时，就需要考虑手术治疗。因为巧克力囊肿可能会引起盆腔粘连、影响生育等问题。赘生性囊肿（如浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等）： 这类囊肿有一定恶变可能，一旦囊肿直径超过5厘米，就建议手术切除。因为随着囊肿增大，恶变风险增加，而且较大的囊肿还可能发生破裂、扭转等急腹症情况。
特殊情况的考虑
绝经后女性的卵巢囊肿： 绝经后女性卵巢囊肿直径超过3厘米就需要警惕，因为绝经后卵巢生理性萎缩，再出现囊肿恶变风险相对增高，所以一般建议手术切除。伴有腹痛等症状的卵巢囊肿： 即使囊肿直径未达到5厘米，但如果出现突然的下腹部剧烈疼痛，要考虑囊肿扭转等紧急情况，需及时手术，而不是单纯看大小。