原发性痛经和继发性痛经的区别主要在于疼痛的原因。
原发性痛经是指生殖器官无器质性病变的痛经，占痛经90%以上。其发生主要与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关，PGF2α含量升高时会引起子宫平滑肌过强收缩，血管痉挛，造成子宫缺血、乏氧状态而出现痛经。此外，原发性痛经还受精神、神经因素影响。
继发性痛经是指由盆腔器质性疾病引起的痛经。常见于子宫内膜异位症、子宫腺肌病、盆腔炎性疾病、子宫肌瘤、子宫畸形等。
总之，原发性痛经的发生与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关，而继发性痛经则是由盆腔器质性疾病引起的。