原发性痛经和继发性痛经的区别主要在于疼痛的原因和特点，具体如下：
1.原发性痛经：
原因：原发性痛经的发生主要与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关。PGF2α含量升高时，会引起子宫平滑肌过强收缩，血管挛缩，造成子宫缺血、乏氧状态而出现痛经。
特点：原发性痛经在青春期多见，常在初潮后1～2年内发病。疼痛多自月经来潮后开始，最早出现在经前12小时，以行经第1日疼痛最剧烈，持续2～3日后缓解。可伴有恶心、呕吐、腹泻、头晕、乏力等症状，严重时面色发白、出冷汗。妇科检查无异常发现。
2.继发性痛经：
原因：继发性痛经则多因生殖器官有器质性病变所致。
特点：继发性痛经多见于生育后及中年妇女，因盆腔炎症、肿瘤或子宫内膜异位症引起。内膜异位症系子宫内膜组织生长于子宫腔以外，如子宫肌层、卵巢或盆腔内其他部位，同样有周期性改变及出血，月经期间因血不能外流而引起疼痛，并因与周围邻近组织器官粘连，而使痛经逐渐加重。
其他：此外，还可能出现性交痛、月经周期紊乱、经量增多、经期延长、贫血等症状。妇科检查可发现子宫增大、质地较硬、活动受限或与子宫周围组织有粘连等。