孩子反复高烧39度三天，可能是感染、免疫系统问题、血液疾病、恶性肿瘤等原因引起的，需要及时就医，进行全面的检查和诊断，以确定具体的病因，并采取相应的治疗措施。具体分析如下：
1.感染：是导致孩子反复高烧的最常见原因之一，如病毒、细菌、真菌等感染。可以通过血常规、C反应蛋白、病原学检查等方式明确感染类型，然后选择合适的抗生素或抗病毒药物进行治疗。
2.免疫系统问题：免疫系统疾病也可能导致孩子反复高烧，如幼年特发性关节炎、系统性红斑狼疮等。需要进行自身抗体、免疫球蛋白等检查，以明确诊断，并使用免疫抑制剂或激素进行治疗。
3.血液疾病：某些血液疾病也会引起孩子反复高烧，如白血病、再生障碍性贫血等。需要进行骨髓穿刺、血常规等检查，以明确诊断，并进行化疗、放疗或造血干细胞移植等治疗。
4.恶性肿瘤：恶性肿瘤也是导致孩子反复高烧的原因之一，如淋巴瘤、神经母细胞瘤等。需要进行肿瘤标志物、影像学检查等，以明确诊断，并进行手术、化疗、放疗等综合治疗。
5.其他：其他原因如药物热、暑热症、川崎病等也可能导致孩子反复高烧。
患者在治疗期间需要注意休息，多喝水，饮食清淡易消化。可适当食用富含维生素、蛋白质等营养物质的食物，如蔬菜、水果、牛奶、鸡蛋等，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、油炸食品等。