孩子反复高烧39度三天，可能由多种原因引起，以下是一些可能的情况和建议：
1.感染：这是最常见的原因，如病毒、细菌、支原体等感染都可能导致发热。可以观察孩子除了发热外是否还有其他症状，如咳嗽、流涕、喉咙痛、腹泻等。如果有，需要及时就医，医生可能会根据症状和检查结果开一些抗生素或抗病毒药物。如果孩子精神状态还好，可以先在家观察，多喝水，注意休息，每4-6小时测量一次体温，超过38.5度时口服退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。如果孩子出现高热惊厥、呼吸急促、精神萎靡等异常情况，应立即就医或拨打120。
2.免疫系统问题：孩子的免疫系统尚未完全发育成熟，可能会对某些抗原产生过度反应，导致自身免疫性疾病或过敏反应。如果孩子有反复发热的病史，或者家族中有免疫系统疾病的患者，需要警惕这方面的问题。可以带孩子去医院检查一些自身抗体、免疫球蛋白等指标，以排除或确诊相关疾病。如果确诊，需要根据具体情况进行免疫调节或脱敏治疗。
3.恶性肿瘤：虽然儿童恶性肿瘤的发生率相对较低，但也不能忽视。某些白血病、淋巴瘤等血液系统肿瘤或实体瘤可能会引起长期发热。如果孩子除了发热外还有贫血、出血、淋巴结肿大、肝脾肿大等异常表现，需要及时去医院做一些血液检查、骨髓穿刺、影像学检查等，以排除或确诊恶性肿瘤。如果确诊，需要根据肿瘤的类型和分期进行化疗、放疗、手术等综合治疗。
4.其他原因：除了上述原因外，还有一些其他可能导致孩子反复高烧39度三天的情况，如药物热、暑热症、川崎病、幼年特发性关节炎等。这些情况需要根据具体情况进行诊断和治疗。
总之，孩子反复高烧39度三天是一个比较严重的情况，需要引起家长的重视。如果孩子在家自行处理后症状没有改善或出现了加重的迹象，应及时就医，以免延误病情。同时，在就医前最好不要给孩子使用抗生素或退烧药，以免影响医生的诊断和治疗。