怀孕后查出右侧卵巢囊肿，不用太过担心，需要先明确囊肿的性质，再采取相应的处理措施。
如果囊肿是生理性的，通常会在怀孕3个月后自行消失，不需要特殊治疗。因为怀孕后，体内激素水平会发生变化，可能会导致黄体囊肿的形成，这是一种生理性的囊肿。
如果囊肿是病理性的，需要根据囊肿的大小、性质、症状等因素来决定治疗方法。以下是一些可能的治疗方法：
手术治疗：如果囊肿较大（直径≥5cm）、生长较快、发生破裂、扭转等，或者怀疑有恶变时，需要进行手术治疗。手术方式包括腹腔镜手术和开腹手术，具体选择哪种手术方式，需要根据患者的具体情况来决定。
药物治疗：如果囊肿较小，没有明显的症状，可以先观察，定期复查。如果囊肿伴有腹痛、腹胀等症状，可以使用药物进行治疗，以缓解症状。
中医治疗：中医认为卵巢囊肿的发生与肝郁气滞、痰湿凝滞等因素有关，因此可以采用活血化瘀、软坚散结等方法进行治疗。中医治疗需要在专业医生的指导下进行。
需要注意的是，在治疗过程中，需要密切关注胎儿的发育情况，避免治疗对胎儿造成不良影响。同时，患者也需要保持良好的心态，注意休息，避免剧烈运动和劳累。
总之，怀孕后查出右侧卵巢囊肿，需要及时就医，明确囊肿的性质，在医生的指导下进行治疗。