早上起来肾疼可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.肾脏感染：如肾盂肾炎、肾脓肿等，可导致肾区疼痛，常伴有发热、尿频、尿急、尿痛等症状。
2.肾脏结石：较大的结石可引起肾区疼痛，疼痛常突然发作，呈阵发性加剧，可伴有血尿。
3.肾脏肿瘤：如肾癌，可引起腰部钝痛或隐痛，少数患者可因肿瘤破裂出血导致剧痛。
4.肾积水：可因梗阻等原因导致尿液潴留，引起肾区胀痛。
5.腰肌劳损或腰椎间盘突出：疼痛部位可能在腰部，但也可能放射至肾区。
6.其他：如肾动脉狭窄、肾静脉血栓形成等，也可引起肾区疼痛。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因，肾疼还可能由其他因素引起。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如恶心、呕吐、血尿、发热等，应及时就医，进行相关检查，如血常规、尿常规、超声、CT等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
此外，保持良好的生活习惯，如适量饮水、均衡饮食、定期运动等，有助于维护肾脏健康。如果有肾脏疾病的高危因素，如高血压、糖尿病、肥胖等，应积极控制原发疾病，定期进行肾脏检查。
总之，早上起来肾疼可能是多种疾病的表现，需要引起重视。及时就医，明确诊断，以便采取合适的治疗措施。