早上起来肾疼可能是泌尿系统结石、肾盂肾炎、肾肿瘤等原因引起的，可以通过B超、CT、血常规等检查来明确诊断，具体治疗方法如下：
1.泌尿系统结石：如果是较小的结石，可以通过多喝水、多运动的方式促进结石排出体外。如果结石较大，可以通过体外冲击波碎石、输尿管镜碎石取石术等方法进行治疗。
2.肾盂肾炎：可以在医生的指导下使用抗生素进行治疗，比如头孢呋辛酯、阿莫西林等。同时，患者需要注意休息，多喝水，勤排尿。
3.肾肿瘤：如果是良性肿瘤，可以通过手术的方式进行治疗，比如肾部分切除术、肾癌根治术等。如果是恶性肿瘤，需要根据肿瘤的分期、患者的身体状况等因素，选择合适的治疗方法，比如手术、化疗、放疗等。
患者在治疗期间需要注意休息，避免过度劳累。同时，要注意个人卫生，保持尿道口清洁。饮食上要以清淡为主，避免食用辛辣、刺激性食物，可适当食用一些富含维生素的食物，如蔬菜、水果等。
需要注意的是，早上起来肾疼还可能是其他原因引起的，比如腰椎间盘突出、腰肌劳损等。如果疼痛持续不缓解，建议及时就医，明确病因，进行针对性治疗。