三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的生理现象，但也可能是由皮肤瘙痒、湿疹、维生素D缺乏性佝偻病等原因引起的。以下是一些可能的治疗方法：
1.保持皮肤清洁：经常给宝宝洗澡，保持皮肤清洁干燥，避免过度摩擦。
2.选择合适的衣物和床上用品：给宝宝选择柔软、透气的衣物和床上用品，避免刺激皮肤。
3.注意环境温度和湿度：保持宝宝的卧室温度适宜，避免过度潮湿或干燥。
4.补充维生素D：如果宝宝缺乏维生素D，可能会导致钙吸收不良，引起佝偻病，从而出现睡觉摇头的症状。可以在医生的指导下给宝宝补充维生素D。
5.治疗皮肤疾病：如果宝宝有皮肤瘙痒、湿疹等疾病，需要及时治疗，以减轻症状。
6.调整睡眠姿势：可以尝试调整宝宝的睡眠姿势，避免头部过度摩擦。
7.就医检查：如果宝宝睡觉摇头的症状持续不缓解，或者伴有其他异常症状，如哭闹、多汗、夜惊等，需要及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因，并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，三个月宝宝的身体比较娇嫩，在治疗过程中需要特别小心，避免使用过于刺激的药物和方法。同时，如果宝宝有其他健康问题，如呼吸道感染、腹泻等，需要先治疗这些疾病，再进行上述治疗。如果对宝宝的健康状况有任何疑虑，建议及时咨询医生的意见。