三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的生理现象，也可能与环境因素、维生素D缺乏性佝偻病等有关。可以通过调整环境、补充维生素D等方式进行治疗，建议及时就医。具体分析如下：
1.正常的生理现象：三个月宝宝的神经系统发育还不完善，容易受到外界刺激而出现兴奋，摇头就是其中一种表现。此外，宝宝的前庭功能发育不完善，也会通过摇头来感受外界的信息。这种情况不需要特殊处理，随着宝宝的生长发育，会逐渐消失。
2.环境因素：如果宝宝睡觉的环境温度过高、过低，或者被褥过厚、过硬，都会让宝宝感到不舒服，从而通过摇头来表达自己的不满。这种情况下，只需要调整宝宝的睡眠环境，让宝宝感到舒适即可。
3.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病是由于维生素D摄入不足或缺乏日照导致钙磷代谢紊乱，引起的一种全身性慢性营养性疾病。宝宝会出现多汗、夜惊、烦躁不安、摇头等症状。这种情况需要在医生的指导下补充维生素D和钙剂，并多晒太阳。
4.其他：中耳炎、外耳道湿疹等疾病也可能导致宝宝睡觉摇头，需要及时就医，明确病因后进行治疗。
宝宝在治疗期间需要注意保持皮肤清洁，避免搔抓，以免引起感染。同时，要适当增加户外活动，多晒太阳，以促进钙的吸收。饮食上可以适当增加富含维生素D和钙的食物，如鱼肝油、蛋黄、奶制品等。避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒、大蒜等。