早晨起来肩膀酸疼，可能是以下原因引起：
1.夜间睡姿不良：如果睡觉时长期压迫肩膀，或使用过高的枕头，会导致肩部肌肉紧张、血液循环不畅，从而引起酸疼。
2.肩周炎：肩周炎是以肩关节疼痛和活动不便为主要症状的常见病症。其主要表现为肩部逐渐产生疼痛，夜间为甚，逐渐加重，肩关节活动功能受限而且日益加重，达到某种程度后逐渐缓解，直至最后完全复原，大概会持续几个月甚至几年。
3.颈椎病：当颈椎发生病变时，可能会压迫神经根，导致肩部疼痛和麻木。这种疼痛通常会在夜间加重，同时还可能伴有上肢无力、手指发麻等症状。
4.肩部外伤：如果肩部在夜间受到外力撞击或拉伤，可能会导致肩部肌肉、韧带等组织损伤，从而引起疼痛。
5.其他：风湿、类风湿关节炎、肩部肿瘤等疾病也可能导致早晨起来肩膀酸疼。
如果疼痛持续时间较长或伴有其他症状，建议及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。同时，在日常生活中，要注意保持良好的睡眠姿势，避免长时间低头或伏案工作，适当进行肩部运动，以预防肩部疾病的发生。