两肩胛骨酸痛的原因可能有很多，以下是一些常见的原因：
1.肩部肌肉劳损：长期过度使用肩部肌肉，或姿势不正确，如长时间低头、伏案工作等，可导致肩部肌肉疲劳、紧张，从而引起酸痛。
2.肩周炎：肩周炎又称肩关节周围炎，是以肩关节疼痛和活动不便为主要症状的常见病症。其主要表现为肩部逐渐产生疼痛，夜间为甚，逐渐加重，肩关节活动功能受限而且日益加重，达到某种程度后逐渐缓解，直至最后完全复原，大概要经历1年时间。
3.颈椎病：颈椎间盘退行性改变或骨质增生，可能压迫神经根，引起肩部放射性疼痛，从而导致两肩胛骨酸痛。
4.心脏疾病：部分心脏疾病，如心肌梗死、心绞痛等，也可能引起肩部放射性疼痛，导致两肩胛骨酸痛。
5.其他：肺部疾病、外伤、肿瘤等也可能引起两肩胛骨酸痛。
如果两肩胛骨酸痛持续时间较长或症状加重，建议及时就医，进行相关检查，如X线、CT、MRI等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，应注意保持正确的姿势，避免过度劳累和长时间保持同一姿势，适当进行肩部运动，以预防和缓解肩部疼痛。