月经干净第三天进行性行为一般不会怀孕，但也不是绝对的。以下是关于此问题的具体分析：
1.女性的排卵日期一般在下次月经来潮前的14天左右。卵子自卵巢排出后在输卵管内能生存1～2天，以等待受精；男子的精子在女子的生殖道内可维持2～3天受精能力，故在卵子排出的前后几天里性交容易受孕。将排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。除了月经期和排卵期，其余的时间均为安全期。在安全期性交可不必采用任何避孕药物和避孕工具。月经干净第三天处于安全期，怀孕的概率较小。
2.由于女性排卵受到很多因素的影响，比如情绪、环境等，可能会出现提前或推后排卵，或者额外排卵的情况。因此，安全期避孕法并不十分可靠，失败率较高。
3.如果没有怀孕的计划，建议在进行性行为时采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。此外，还应该注意性卫生，避免感染性传播疾病。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果出现月经推迟等情况，应及时进行验孕检查，以确定是否怀孕。如果对避孕和生育问题有更多的疑问，建议咨询医生或专业的医疗机构。