月经干净第三天同房是否会怀孕，取决于多种因素，需要具体情况具体分析，不能一概而论，主要有以下几种可能：
1.不会怀孕：如果女性月经周期规律，经期较短，月经干净第三天通常还处于安全期，此时同房怀孕的几率较低。安全期并非绝对安全，因为女性的排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响而发生改变。
2.可能怀孕：如果女性月经周期不规律，经期较长，或者存在额外排卵的情况，那么月经干净第三天同房就有可能怀孕。此外，如果同房时没有采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等，也会增加怀孕的风险。
需要注意的是，以上只是一些常见的情况，每个人的身体状况和生理周期都有所不同。如果女性担心怀孕，可以在同房后72小时内服用紧急避孕药，但紧急避孕药不能作为常规避孕方法，只能在紧急情况下使用。同时，建议女性关注自己的月经周期，了解安全期和危险期的时间，采取适当的避孕措施，以避免不必要的怀孕和风险。如果出现月经推迟、恶心、呕吐等怀孕症状，应及时进行验孕或就医检查。