月经干净第三天同房是否会怀孕，取决于女性的月经周期是否规律。如果女性月经周期规律，一般不会怀孕；如果女性月经周期不规律，可能会怀孕，但怀孕的几率较低。具体分析如下：
1.不会怀孕：如果女性的月经周期为28天，且月经持续时间为3-7天，月经干净第三天通常处于安全期，此时卵巢内尚未发育成熟的卵子会逐渐发育、排出，子宫内膜也较薄，不具备受精卵着床的条件，因此怀孕的几率较低。
2.可能会怀孕：如果女性的月经周期不规律，排卵时间也会相应提前或推迟，月经干净第三天可能已经进入排卵期。此时如果进行无保护的性行为，精子可能会与卵子相遇，从而导致怀孕。此外，女性的排卵还可能受到情绪、环境、健康状况等因素的影响，导致排卵时间提前或推迟，增加怀孕的风险。
需要注意的是，安全期避孕法并不可靠，因为女性的排卵时间可能会受到多种因素的影响而发生变化。如果没有怀孕的计划，建议在同房时采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。此外，如果出现月经周期紊乱、经量异常等情况，应及时就医，排除疾病因素的影响。