吃东西时耳根疼，可能与以下原因有关。
1.颞下颌关节紊乱：颞下颌关节位于耳屏前方，吃东西时咀嚼运动可引起该关节活动，若咀嚼肌功能失调、关节结构损伤或炎症等，可导致颞下颌关节紊乱，从而引起吃东西时耳根疼。此外，还可能伴有张口受限、咀嚼疼痛、耳部闷胀感等症状。
2.耳部感染：中耳炎、外耳道炎等耳部感染性疾病，可导致耳部疼痛，炎症可波及周围组织，引起吃东西时耳根疼。
3.腮腺炎：腮腺炎可导致腮腺肿大，位于耳垂下方，吃东西时可刺激腮腺，引起疼痛，疼痛可放射至耳根。
4.茎突过长：茎突过长是指茎突超出正常长度，可刺激周围组织，引起咽部疼痛、耳部疼痛等症状，吃东西时可加重。
5.其他：颈椎病、肌肉劳损、外伤等也可能导致吃东西时耳根疼。
如果出现吃东西时耳根疼的症状，建议及时就医，明确原因，以便采取相应的治疗措施。同时，应注意避免食用辛辣、刺激性食物，避免过度咀嚼，保持口腔清洁。