上尿路感染与下尿路感染可以从症状表现、实验室检查、影像学检查等方面进行鉴别。上尿路感染如急性肾盂肾炎，约10%的尿路感染会发展为上尿路感染。
症状表现的鉴别
下尿路感染：主要表现为膀胱刺激征，即尿频、尿急、尿痛，一般全身症状不明显。比如单纯性膀胱炎，患者主要是尿道不适，排尿时尿道有灼热感，尿频比较明显，但体温通常不会升高或仅有低热。上尿路感染：除了有膀胱刺激征外，还会有明显的全身症状，如发热，体温可高达38℃~39℃，甚至更高，伴有寒战、头痛、全身酸痛、恶心、呕吐等症状，同时腰部可有酸痛、胀痛，肾区有叩击痛。像急性肾盂肾炎患者，除了尿频、尿急、尿痛外，腰部会有明显不适，叩击肾区时有疼痛感。
实验室检查的鉴别
尿常规：下尿路感染时，尿常规检查可见白细胞尿，一般尿蛋白阴性或微量，红细胞可能正常或轻度增多。上尿路感染时，除了白细胞尿，还可能出现尿蛋白阳性，尿中可出现白细胞管型、红细胞管型等，血常规检查可见白细胞计数及中性粒细胞百分比升高，血沉加快。尿细菌学检查：下尿路感染中段尿细菌培养菌落计数一般≥10⁵CFU/ml，但上尿路感染时，中段尿细菌培养菌落计数往往也是≥10⁵CFU/ml，但上尿路感染可能存在肾实质感染，尿沉渣中可找到白细胞管型，血液中可检测到细菌抗体等。
影像学检查的鉴别
超声检查：下尿路感染时，超声检查一般无明显异常。上尿路感染时，超声检查可能发现肾脏大小、形态异常，如急性肾盂肾炎时，肾脏可能体积增大，实质回声不均匀等。静脉肾盂造影：下尿路感染通常无异常表现。上尿路感染时，静脉肾盂造影可发现肾盂肾盏变形、缩窄等慢性肾盂肾炎的表现，对于急性肾盂肾炎也可发现肾盂肾盏黏膜皱襞增粗、肾盏扩张等情况。