宝宝反复高烧39℃可能由多种原因引起，需要及时就医，进行全面的检查和诊断，以下是一些可能的原因：
1.感染：是导致宝宝发烧最常见的原因，如病毒、细菌、支原体等感染。
病毒感染：如呼吸道合胞病毒、流感病毒、手足口病等。
细菌感染：如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等。
支原体感染：如肺炎支原体。
2.免疫系统问题：宝宝的免疫系统尚未完全发育成熟，可能会出现免疫反应异常，导致发烧。
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、幼年特发性关节炎等。
免疫缺陷病：如原发性免疫缺陷病、获得性免疫缺陷综合征等。
3.其他疾病：除了感染和免疫系统问题，还有其他一些疾病也可能导致宝宝反复高烧，如恶性肿瘤、血液系统疾病、中枢神经系统感染等。
恶性肿瘤：如白血病、淋巴瘤等。
血液系统疾病：如再生障碍性贫血、血小板减少性紫癜等。
中枢神经系统感染：如脑膜炎、脑炎等。
4.药物反应：某些药物可能会引起过敏反应，导致发烧。
5.环境因素：宝宝所处的环境温度过高、穿着过多、不透气等也可能导致发烧。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体原因需要根据宝宝的具体情况进行综合分析和诊断。在宝宝反复高烧39℃的情况下，家长应该及时带宝宝就医，进行全面的检查和诊断，以便及时治疗。同时，家长应该注意给宝宝多喝水，保持室内通风，注意宝宝的个人卫生，避免交叉感染。
对于特殊人群，如早产儿、免疫功能低下的宝宝等，发烧可能意味着更严重的问题，家长应该更加重视，及时就医。此外，在宝宝发烧期间，家长应该密切观察宝宝的病情变化，如出现呼吸急促、精神萎靡、抽搐等症状，应该及时就医。