小儿得反流性食管炎的原因较多，其中食管下括约肌功能障碍是常见因素之一。据研究，约有一定比例的小儿存在食管下括约肌发育不完善或功能异常情况，使得抗反流屏障作用减弱，容易导致胃内容物反流。
解剖结构因素
食管下括约肌结构特点： 小儿的食管下括约肌相对较松，张力较低，这就使得它阻挡胃内容物反流的能力较弱。一般来说，婴儿的食管下括约肌发育还未完全成熟，相比成人更容易出现松弛现象，从而让胃里的食物和胃酸等容易反流到食管。食管与胃夹角问题： 小儿食管与胃的夹角（His角）较浅，正常情况下这个角度有助于防止反流，而小儿的His角相对较平，对反流的阻挡作用不佳，也增加了反流性食管炎发生的风险。
生理功能方面
胃酸分泌特点： 小儿胃酸分泌量相对较多，尤其是在进食后，胃酸分泌会进一步增加。过多的胃酸如果反流到食管，就会刺激食管黏膜，引发炎症反应。比如婴儿在大量进食后，胃酸分泌旺盛，反流的概率相对更高。胃肠蠕动功能： 小儿胃肠蠕动功能尚不完善，胃排空时间可能会延长。当胃内食物排空缓慢时，胃内压力升高，就更容易导致胃内容物反流至食管。例如，有些小儿进食后很快平卧，胃肠蠕动不能及时将食物推送下去，就容易引发反流性食管炎。
其他诱发因素
喂养方式不当： 过度喂养是常见的诱发因素之一。如果给小儿喂食过多，超过了胃的容纳能力，就容易导致反流。比如有的家长总是无节制地给孩子喂奶或喂食，使得胃内压力增大，引发反流。另外，喂奶后立即让小儿平卧，也是不良的喂养方式，这会大大增加反流的可能性。体位因素： 长期仰卧位也是一个重要因素。小儿在仰卧位时，胃内容物更容易反流到食管。特别是婴幼儿，由于自主翻身能力较弱，长时间仰卧，反流性食管炎的发生风险相对较高。比如让婴儿长时间保持仰卧姿势睡觉，就可能增加患病几率。