反流性食管炎主要是因为抗反流屏障结构与功能异常、食管清除作用降低以及食管黏膜屏障功能降低等原因引起。据研究，约有40%的反流性食管炎患者存在食管下括约肌压力降低的情况。
抗反流屏障结构与功能异常
食管下括约肌功能障碍： 食管下括约肌是食管末端环形肌束，正常情况下收缩可防止胃内容物反流至食管。当食管下括约肌压力降低时，比如部分人群食管下括约肌压力比正常人低30%以上，就容易出现反流。例如一些肥胖者，由于腹部脂肪堆积，腹腔压力升高，会压迫食管下括约肌，导致其压力降低，增加反流性食管炎风险。食管下括约肌周围结构异常： 如食管裂孔疝，约70%的反流性食管炎患者合并食管裂孔疝。食管裂孔疝会使食管下括约肌的正常结构受到影响，削弱抗反流屏障，让胃内容物更容易反流进入食管。
食管清除作用降低
食管蠕动异常： 正常情况下食管蠕动可以将反流物及时清除。当食管蠕动减弱时，比如一些患有神经系统疾病的患者，食管蠕动功能受到影响，就会导致反流物在食管内停留时间延长，增加对食管黏膜的刺激时间，从而引发反流性食管炎。一般来说，食管蠕动速度比正常情况慢50%以上时，就可能增加患病几率。唾液分泌减少： 唾液可以中和胃酸、清除反流物，起到保护食管黏膜的作用。如果唾液分泌减少，比如老年人唾液分泌功能减退，或者长期服用某些药物导致唾液分泌受影响，就会使食管清除反流物的能力下降，增加反流性食管炎发生的可能性。
食管黏膜屏障功能降低
食管黏膜抗酸能力下降： 食管黏膜的屏障功能包括上皮前、上皮和上皮后屏障等。当食管黏膜抗酸能力下降时，比如长期吸烟的人，烟草中的成分会损伤食管黏膜的屏障，使其对胃酸的抵抗能力减弱，更容易受到反流胃酸的损伤，引发反流性食管炎。有研究显示，长期吸烟人群患反流性食管炎的几率比不吸烟人群高约2倍。食管黏膜修复功能异常： 正常的食管黏膜能够及时修复受损部位，但如果食管黏膜修复功能异常，比如一些患有慢性疾病的患者，身体整体状态较差，食管黏膜修复速度减慢，当有反流发生时，受损的食管黏膜不能及时修复，就会导致反流性食管炎持续不愈或者反复发作。