咀嚼时耳根疼可能是颞下颌关节紊乱综合征、耳部疾病、口腔疾病等原因所致，可以通过一般治疗、药物治疗、物理治疗、手术治疗等方式进行缓解，建议及时就医。具体分析如下：
1.颞下颌关节紊乱综合征：病因尚不明确，可能与精神因素、咬合因素、免疫因素等有关。患者可出现咀嚼时耳根疼、下颌运动异常、关节弹响等症状。治疗方法包括一般治疗、药物治疗、物理治疗、咬合板治疗、封闭治疗、正畸治疗、手术治疗等。患者在治疗期间需要注意保持良好的生活习惯，避免过度张口、避免食用硬物等。可适当食用富含维生素、蛋白质等营养物质的食物，如蔬菜、水果、鸡蛋、牛奶等，避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒、大蒜等。
2.耳部疾病：如中耳炎、外耳道炎等，可导致耳部疼痛，咀嚼时疼痛可放射至耳根。治疗方法包括药物治疗、手术治疗等。患者在治疗期间需要注意保持耳部清洁，避免耳道进水，避免挖耳等。可适当食用清淡、易消化的食物，如粥、面条、馄饨等，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、肥肉、油炸食品等。
3.口腔疾病：如智齿冠周炎、牙龈炎、根尖周炎等，可导致口腔疼痛，咀嚼时疼痛可放射至耳根。治疗方法包括药物治疗、手术治疗等。患者在治疗期间需要注意保持口腔清洁，勤刷牙、勤漱口，避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒、大蒜等。可适当食用富含维生素、蛋白质等营养物质的食物，如蔬菜、水果、鸡蛋、牛奶等。
4.其他：如颈椎病、颞下颌关节强直等，也可导致咀嚼时耳根疼。治疗方法包括物理治疗、药物治疗、手术治疗等。患者在治疗期间需要注意保持正确的坐姿和站姿，避免长时间低头或仰头。可适当食用富含维生素、蛋白质等营养物质的食物，如蔬菜、水果、鸡蛋、牛奶等，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、肥肉、油炸食品等。
总之，咀嚼时耳根疼可能是多种原因所致，建议及时就医，明确病因，在医生的指导下进行治疗。同时，患者在治疗期间需要注意保持良好的生活习惯和饮食习惯，有助于病情的恢复。