一、神经系统不良反应
儿童高热时易引发惊厥，多见于6月龄~5岁儿童，与体温骤然升高相关，表现为突然发作的全身性或局限性肌群强直性或阵挛性抽搐，双眼球凝视、斜视、发直或上翻，伴意识丧失。此外，长时间低热或中等度发热可能影响儿童神经发育过程中的代谢等，对于神经系统发育尚未完善的婴幼儿，可能间接干扰神经细胞的正常功能状态。
二、心血管系统不良反应
发热时儿童心率加快，体温每升高1℃，心率大约增加10~15次/分钟，长期或持续高热会加重心脏负担，尤其对于本身存在先天性心脏病等心脏基础疾病的儿童，可能诱发心功能不全等情况，表现为气促、乏力、面色苍白等。
三、呼吸系统不良反应
发热可使儿童呼吸频率增快，导致呼吸急促，对于本身患有喘息性支气管炎、支气管哮喘等呼吸系统疾病的儿童，呼吸急促可能进一步加重呼吸困难，出现喘息、胸闷等症状，影响肺部通气和换气功能。
四、消化系统不良反应
发热时消化酶活性降低，胃肠蠕动减慢，儿童常出现食欲减退、恶心、呕吐、腹胀等症状，婴幼儿消化系统发育尚不成熟，在发热时更易受影响，可能导致营养摄入不足，影响生长发育。
五、水分及电解质紊乱
发热时体表散热增加，同时呼吸增快使不显性失水增多，儿童尤其是小婴儿体液调节能力差，易出现脱水及电解质紊乱，表现为口干、尿少、皮肤弹性差、精神萎靡等，严重时可影响机体正常代谢及器官功能。
六、代谢及全身状态影响
长时间高热会使机体能量消耗增加，儿童出现乏力、精神萎靡等全身不适症状，影响其日常活动及睡眠，对身体和心理发育均可能产生不利影响，对于有基础疾病的儿童，还可能诱发基础疾病发作，如癫痫患儿可能因发热诱发癫痫。