三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的生理现象，但也可能是由一些疾病引起的。以下是一些可能的原因：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统和内耳发育尚未完全成熟，可能会出现摇头、手抖等动作。此外，宝宝的头部容易出汗，如果睡觉时头部周围温度过高，也可能会导致宝宝摇头。
2.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会导致瘙痒，从而使宝宝通过摇头来缓解不适。
3.缺钙：如果宝宝体内缺钙，可能会导致神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。
4.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，从而导致宝宝摇头。
5.其他：宝宝头部有寄生虫感染、头皮感染等情况时，也可能会出现摇头的症状。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，通常不需要特殊处理。但如果宝宝经常摇头，或者伴有其他异常表现，如多汗、夜惊、烦躁、哭闹等，应及时带宝宝到医院就诊，以明确原因。
此外，在日常生活中，家长应注意保持宝宝头部清洁，及时修剪宝宝指甲，避免宝宝因瘙痒而搔抓头部。同时，应注意给宝宝补充维生素D和钙剂，以预防佝偻病的发生。如果宝宝出现湿疹，应及时就医，在医生的指导下进行治疗。
总之，三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的，也可能是疾病引起的。如果家长发现宝宝有异常表现，应及时带宝宝到医院就诊，以确保宝宝的健康。