三个月的宝宝睡觉摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还未发育完善，摇头可能是在自我安抚。随着宝宝的成长，这种情况会逐渐减少。
2.湿疹：宝宝头部出汗多，若没有及时清理，会导致头皮瘙痒，从而引起摇头。此外，湿疹还可能伴有皮肤发红、皮疹等症状。
3.缺钙：宝宝生长发育迅速，若钙摄入不足，可能导致神经兴奋性增加，出现多汗、摇头等症状。同时，还可能伴有夜惊、夜啼、方颅等表现。
4.耳部感染：宝宝的耳部结构尚未发育完善，容易发生耳部感染，如中耳炎。炎症会刺激耳部，引起疼痛，导致宝宝摇头。此外，还可能伴有耳部分泌物、发热等症状。
5.其他：环境温度过高、衣物过多、床铺不舒适等，也可能导致宝宝睡觉摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶、生长发育正常，可能是正常的生理现象。但如果摇头频繁，或伴有其他异常表现，建议及时就医，明确原因。同时，要注意保持宝宝头部清洁，勤换衣物，选择舒适的睡眠环境。