三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的生理现象，但也可能与维生素D缺乏、湿疹等有关。
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统发育尚未完善，控制头部的肌肉力量较弱，在睡眠时可能会出现摇头、四肢抖动等动作，这是正常的生理现象，随着宝宝的生长发育，这种情况会逐渐消失。
2.维生素D缺乏：维生素D缺乏会导致宝宝血钙降低，神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、烦躁、睡眠不安等症状。此外，宝宝还可能出现方颅、鸡胸、漏斗胸等骨骼畸形。
3.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会导致皮肤瘙痒，从而引起摇头。此外，湿疹还可能伴有皮肤发红、丘疹等症状。
4.其他：中耳炎、外耳道炎等耳部疾病，也可能导致宝宝因瘙痒而摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，可以先观察。如果宝宝摇头频繁，或伴有多汗、烦躁、哭闹等症状，应及时就医，明确原因。此外，在日常生活中，应注意给宝宝补充维生素D，多晒太阳，保持皮肤清洁干燥，避免穿得过多或过少。如果宝宝头部有湿疹，应及时就医，遵医嘱使用药物治疗。