先天性肥厚性幽门狭窄极少数情况下可以自愈，但通常需要手术治疗。
先天性肥厚性幽门狭窄是由于幽门环肌增厚、变硬，导致幽门管腔狭窄。多见于出生后2~4周的婴儿，通常在出生后2~4周时出现进行性加重的呕吐，为奶汁，不含胆汁，也可含咖啡色物，少数患儿可在出生后1周左右出现症状。先天性肥厚性幽门狭窄的主要治疗方法是幽门肌切开术，手术效果通常较好。
对于症状较轻、呕吐不严重、生长发育良好的患儿，也可以先尝试非手术治疗，包括禁食、胃肠减压、静脉补液、纠正电解质紊乱等。部分患儿在非手术治疗后，幽门狭窄可以缓解，幽门括约肌逐渐恢复正常。但这种情况比较少见，且需要密切观察患儿的病情变化，如有必要，仍需及时进行手术治疗。
需要注意的是，先天性肥厚性幽门狭窄的诊断需要结合临床症状、体征、B超等检查综合判断。如果家长发现患儿有呕吐等症状，应及时带患儿到医院就诊，以便早发现、早治疗。