怀孕三个月肚子有点隐隐的疼，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵扯性疼痛，通常表现为肚子隐隐作痛。
2.韧带牵拉：怀孕期间，子宫附近的韧带会受到牵拉，也可能引起肚子隐痛。这种疼痛通常比较轻微，而且是一过性的。
3.其他：如果孕妇在怀孕期间出现肚子隐痛，还可能与其他因素有关，如消化不良、腹部受凉、先兆流产等。
需要注意的是，如果肚子隐痛持续时间较长、程度较重，或者伴有阴道流血、破水等异常情况，应及时就医，以排除先兆流产、宫外孕等异常情况。同时，孕妇在怀孕期间应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，均衡饮食，定期产检，以保障自身和胎儿的健康。