南五味子和北五味子为两种不同的植物，且功效区别很大，以下是两者的主要区别：
1.植物来源：南五味子来源于木兰科南五味子属植物华中五味子；北五味子来源于木兰科五味子属植物五味子的干燥成熟果实。
2.外观区别：南五味子果实较小，呈球形，直径5-8mm。表面棕红色至暗棕色，干瘪，皱缩，果肉常紧贴于种子上。北五味子果实较大，呈不规则的球形或扁球形，直径5-8mm。表面紫红色或黑红色，皱缩，果肉柔软，有的表面呈黑红色或出现“白霜”。
3.功效区别：南五味子具有敛肺止咳、涩精止泻、止汗的功效，主要用于治疗久嗽虚喘、久泻不止、自汗盗汗等症；北五味子具有补肾宁心的功效，主要用于治疗久嗽虚喘、久泻不止、自汗盗汗、津伤口渴、内热消渴、心悸失眠等症。
4.药理作用区别：南五味子主要含有木脂素、挥发油、有机酸、糖类、色素等成分，具有抗氧化、降血脂、保肝、抗菌等作用；北五味子主要含有木脂素、挥发油、多糖、维生素、矿物质等成分，具有抗氧化、保肝、降血脂、降血压、增强免疫力等作用。
5.毒性区别：南五味子和北五味子的毒性都较小，但长期大量服用可能会对肝脏造成损害。
6.使用注意事项区别：南五味子和北五味子都不宜与磺胺类、大环内酯类抗生素、抗心律失常药等药物同时使用，以免发生药物相互作用。此外，南五味子和北五味子都不宜与藜芦同时使用，以免发生不良反应。
需要注意的是，南五味子和北五味子虽然在功效和药理作用上有所区别，但在临床应用中，两者常常可以相互替代使用。在使用时，应根据具体病情和个体差异，选择合适的药物进行治疗。同时，应按照医生的建议使用药物，避免自行增减剂量或改变用药方式。