北五味子和南五味子在来源、外观、药性等方面有区别。北五味子为木兰科植物五味子的干燥成熟果实，主产于东北等地；南五味子为木兰科植物华中五味子的干燥成熟果实，主产于陕西、甘肃等地。
外观形态差异
北五味子： 呈不规则的球形或扁球形，直径5 - 8mm。表面红色、紫红色或暗红色，皱缩，显油润；有的表面呈黑红色或出现“白霜”。果肉柔软，种子1 - 2粒，肾形，表面棕黄色，有光泽，种皮薄而脆。南五味子： 呈球形或扁球形，直径4 - 6mm。表面棕红色至暗棕色，干瘪，皱缩，果肉常紧贴种子上。种子1 - 2粒，呈肾形，较北五味子种子稍小，表面棕黄色，略呈颗粒状。
药性功效区别
北五味子： 药性偏温，具有收敛固涩、益气生津、补肾宁心的功效。常用于久嗽虚喘，梦遗滑精，遗尿尿频，久泻不止，自汗盗汗，津伤口渴，短气脉虚，内热消渴，心悸失眠等。例如在治疗肺虚久咳方面，北五味子能起到较好的收敛肺气止咳的作用。南五味子： 药性偏寒，功效与北五味子相似，但收敛固涩之力稍弱。也可用于久嗽虚喘，遗精滑精，遗尿尿频，久泻不止等病症，但相对北五味子来说，在一些需要较强收敛作用的情况中使用不如北五味子普遍。
化学成分含量不同
北五味子： 含有的木脂素类成分含量相对较高，其中五味子醇甲是其主要活性成分之一，含量较为可观。这些木脂素类成分在调节机体免疫、抗氧化等方面具有重要作用。南五味子： 木脂素类成分含量与北五味子有所不同，其所含的化学成分种类和比例与北五味子存在差异，总体上木脂素类成分含量相对北五味子较低。不过南五味子中也含有一些其他的有效成分，在药用时也能发挥一定的作用。