三个月宝宝睡觉摇头，可能与以下几种原因有关：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育完善，会出现摇头的现象，这是一种正常的生理反射。随着宝宝的生长发育，这种现象会逐渐消失。
2.湿疹：宝宝头部容易出汗，如果家长没有及时给宝宝清理，可能会导致湿疹，从而引起瘙痒，使宝宝出现摇头的现象。家长可以观察宝宝的头部是否有红斑、丘疹等，如果有，可能是湿疹，可以在医生的指导下给宝宝使用湿疹膏。
3.缺钙：宝宝缺钙时，会出现多汗、烦躁、睡眠不安等症状，从而引起摇头。家长可以带宝宝去医院检查微量元素，如果缺钙，可以在医生的指导下给宝宝补充钙剂和维生素D。
4.耳部疾病：如果宝宝患有中耳炎或外耳道炎，会出现耳部瘙痒，从而使宝宝出现摇头的现象。家长可以观察宝宝的耳部是否有分泌物，如果有，可能是耳部疾病，需要及时带宝宝去医院治疗。
5.其他：宝宝如果患有头皮癣、过敏等，也会出现摇头的现象。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，家长可以先观察一段时间。如果宝宝摇头的同时，还伴有哭闹、烦躁、睡眠不安等症状，或者症状持续时间较长，家长应及时带宝宝去医院就诊，明确原因，以便进行针对性治疗。