三个多月的宝宝睡觉老是摇头，可能与以下几种情况有关。
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育完善，会出现摇头的现象，这是一种正常的生理反射。随着宝宝的生长发育，这种现象会逐渐消失。
2.皮肤瘙痒：如果宝宝头部出汗较多，或者接触了过敏原，如尘螨、花粉等，会导致皮肤瘙痒，从而引起摇头。家长可以检查宝宝的头部是否有皮疹、红肿等异常情况。
3.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增高，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。家长可以带宝宝到医院进行维生素D和钙的检测，以明确诊断。
4.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，从而导致摇头。家长可以检查宝宝的耳部是否有红肿、分泌物等异常情况。
5.其他：宝宝睡觉环境过热、过冷，或者枕头不合适等，也可能导致宝宝睡觉摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，家长可以先观察一段时间。如果宝宝摇头频繁，或者伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，建议及时带宝宝到医院就诊，明确原因，以便进行针对性的治疗。