三个月宝宝睡觉摇头，通常是由以下原因引起：
1.正常生理现象：三个月宝宝的神经系统发育尚未完善，容易受到外界刺激而出现兴奋或不适感，摇头是一种自我安慰的方式。此外，宝宝的头皮还没有完全发育好，比较敏感，也会通过摇头来缓解头部的不适。
2.环境因素：如果宝宝睡觉的环境温度过高、过低，或者空气过于干燥、潮湿，都会让宝宝感到不舒服，从而通过摇头来表达。
3.湿疹：宝宝头皮上如果有湿疹，会让宝宝感到瘙痒，从而出现摇头的现象。
4.缺钙：宝宝缺钙时，会导致头部多汗，刺激头皮，引起瘙痒，也会出现摇头的现象。
5.耳部感染：如果宝宝的耳部受到感染，会引起疼痛，也会出现摇头的现象。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，一般不需要特殊处理。但如果宝宝摇头频繁，或者伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊、多汗等，就需要及时带宝宝去医院就诊，以排除其他疾病的可能。