乙肝疫苗一针和三针主要在免疫效果和接种程序上有区别。一针的乙肝疫苗通常是高效价乙肝免疫球蛋白，一般是在暴露于乙肝病毒后紧急接种，能快速提供保护，但持续时间相对较短。而三针的乙肝疫苗是按照0、1、6个月的程序接种，通过多次接种刺激机体产生长期的免疫应答，最终使人体产生持久的保护性抗体。
免疫效果方面
一针乙肝疫苗： 一针的乙肝疫苗如乙肝免疫球蛋白，主要是针对短期内可能暴露乙肝病毒的紧急情况，比如被乙肝患者血液污染的针头刺伤等情况，能在接触后的72小时内注射，快速使体内有一定的乙肝表面抗体水平来抵御病毒，但一般只能维持2 - 3周左右的保护作用。三针乙肝疫苗： 按照0、1、6个月程序接种的乙肝疫苗，通过初次接种刺激机体免疫系统产生初次免疫应答，1个月时再次接种加强免疫，6个月时加强刺激，最终能让90%以上的接种者产生持久的保护性抗体，抗体可维持10 - 12年甚至更久。
接种程序不同
一针乙肝疫苗接种： 一针的乙肝疫苗接种很简单，就是单次注射，主要用于暴露后的紧急预防，没有后续的接种程序要求。三针乙肝疫苗接种： 三针乙肝疫苗有严格的接种程序，第1针接种后，间隔1个月接种第2针，间隔6个月接种第3针。比如婴儿出生后24小时内接种第1针乙肝疫苗，然后1月龄接种第2针，6月龄接种第3针。
适用人群有差异
一针乙肝疫苗适用人群： 主要适用于乙肝暴露后的紧急预防，像医务人员被乙肝患者血液污染的针头刺伤、与乙肝患者密切接触者（如配偶）等短期内可能接触乙肝病毒的人群。三针乙肝疫苗适用人群： 适用于没有感染过乙肝病毒且没有乙肝表面抗体的一般人群，包括新生儿、儿童、成年人等，通过全程接种三针乙肝疫苗来主动产生乙肝表面抗体，从而预防乙肝病毒感染。